Da man Enzyme für gewöhnlich nicht pur verwendet, werden allerlei Zusatzstoffe ins Lebensmittel verschleppt (?Carry over?), wie Konservierungsmittel, Äthylenglykol, Propylenglykol oder Sulfit. Zur mikrobiellen Sicherheit werden Enzyme nicht selten bestrahlt. Zudem enthalten die meisten Enzyme so genannte ?Nebenaktivitäten?, daß heißt je nach Herkunft und Extraktionsbedingungen weitere Enzyme, die die toxikologische Prüfung des reinen Enzyms nicht mit erfasst.