Die toxikologischen Probleme von Enzymen sind vielfältig und hängen in der Regel vom Herstellungsprozess ab. Viele Enzyme werden aus Schimmelpilzen, Bakterien oder den Drüsen von Schlachtvieh gewonnen. Dies bedingt ein prinzipielles Risiko der Einschleppung von Mykotoxinen, Endotoxinen oder pathogenen Keimen.

Da die empfindlichen Enzyme sehr schonend behandelt werden müssen, ist die Gefahr einer Verunreinigung höher als bei anderen Produkten. Als reaktive Eiweiße enthalten sie ein deutliches allergenes Potenzial, das nicht immer durch eine Erhitzung ausgeschaltet wird.