Sie gehören zu den umstrittensten Zusatzstoffen, obwohl sie nicht die bedenklichsten sind. Zwar gelten sie alle "von Amts wegen" als völlig harmlos. Aber bereits die Tatsache, dass sich E 341 in niedriger Konzentration als wirksames Schädlingsbekämpfungsmittel gegen Kornkäfer und Motten bewährt hat, stellt diese Behauptung in Frage.

Bislang ist zwar noch umstritten, ob Phosphate bei empfindlichen Kindern impulsives Verhalten (Hyperaktivität) auslösen können, es ist aber eher unwahrscheinlich. Polyphosphate beeinflussen jedoch den Calciumstoffwechsel des Menschen. In Kombination mit anderen Zusatzstoffen den "modifizierten Stärken" (siehe Bereich Verdickungsmittel) traten bei Ratten Verkalkungen des Beckens auf.

Der Verdacht, daß Lebensmittel mit nennenswerten Phosphatzusätzen wie Colagetränke oder Schmelzkäse bei regelmäßigem Konsum Osteoporose fördern, ließ sich in neueren Studien nicht bestätigen.